本系前身為台南高等工業學校土木科創立於民國三十二年，民國三十五年十月本校由省立台南工業專科學校升格為台灣省立工學院，本系正式成立。土木工程為工程之母，國家經濟建設的基礎牽涉範圍深而廣。本系即以培育國家社會需要的土木技術人員為目標，致力於培養具有健全人格、具備工程基礎、規劃分析及設計能力之土木工程師，並注重學生之宏觀視野，使成為兼具管理能力之人才。本系擁有許多優秀系友，大都有傑出表現，對國家經濟建設及研究發展貢獻良多。

本系目前著重在結構、大地、交通、結構材料及工程管理之研究。學士班以培養優良之土木工程師為目標，藉四年教育，奠定確實之工程科學基礎，良好的土木工程規劃分析、設計與試驗能力，並傳授適當的實務知識。碩士班著重學生對結構工程、工程力學、大地工程、交通工程、工程材料及工程管理各領域廣度之吸收。博士班強調深入之獨立研究發展，旨在培育學術創新之能力。